广州市海珠区湿地保护管理办公室为广州市海珠区人民政府下设机构。根据工作职责，广州市海珠区湿地保护管理办公室设3个内设机构，下设2个事业单位。

一、综合科(湿地管理科)

负责协助领导处理日常工作，综合协调机关日常工作。负责办文办会、人事管理、工会、档案、财务、固定资产管理等工作。负责党的建设、党风廉政、精神文明、机要保密、统计、议案提案办理等工作。负责海珠湿地范围内市容市政、环境卫生等工作。负责园区经营项目、物业等资产整合利用及监管工作。负责园区客服、接待、保洁、保绿、保安及果树管养维护等日常工作。

二、规划建设科

配合发改、建设、规划等部门编制海珠湿地发展规划、计划及各类专项规划。负责海珠湿地旅游产业发展规划，科学合理开发海珠湿地生态旅游资源。负责湿地新建工程项目招投标、建设工作。负责园区基础设施设备维护运行工作。

三、保护监测科(执法科)

负责湿地保护工作，实施湿地生态修复、生态补偿，负责湿地资源的调查、监测及湿地基础数据库建设，参与做好外来物种防控工作。负责林业管理工作，实施林业重点生态保护修复工程、植树造林、退耕还林等工作。监督野生动植物的救护繁育、栖息地恢复发展、疫源疫病监测。承担生物多样性保护相关工作。负责开展湿地保护宣传教育，普及湿地知识。依照法律法规规定及相关部门委托授权，组织开展海珠湿地管理辖区内的行政执法工作。

四、广州市海珠湿地维护中心

负责海珠湿地管理范围内建筑及其配套设施的维护和管养工作；负责海珠湿地园林设计和绿化工程，实施绿化的施工和养护；负责海珠湿地管理范围内安全保卫、环境卫生、河道管理及治安秩序维护等事务性工作；负责海珠湿地游客引导工作。

五、广州市海珠湿地科研宣传教育中心

负责建立健全海珠湿地保护体系，构建海珠湿地生态安全格局；负责组织开展海珠湿地范围内的生态保护、资源调查、监测、研究和评估等事务性工作；负责组建并联络专家顾问团队为海珠湿地服务；负责生态保护相关知识的科普、宣传及教育工作；负责联系相关部门及科研团队开展海珠湿地生态保护项目工作；负责开展海珠湿地生态环境的恢复重建等具体事务性工作。